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林口長庚醫院利用糞便發展出的微菌叢植入術，治療嚴重或反覆性困難梭菌感染，自去年至今年6月底已經完成5例，病人最小3歲、最大88歲。林口長庚醫院分子感染症醫學研究中心主任、兒童感染科教授邱政洵表示，3歲小弟弟因罹患發炎性腸道疾病持續腹瀉血便而住院，又診斷出被高度抗藥性的困難梭菌感染，經常規抗生素治療無效，仍反覆感染；決定採用微菌叢植入術治療，以改善病童的腸道菌相。經篩檢，病童的姊姊健康條件符合捐贈，於是利用內視鏡的方式將姐姐的腸道菌叢植入病童腸道，治療後腹瀉血便的症狀緩解許多，也順利改善腸道菌相平衡。2013年美國FDA通過可以微菌叢植入術來治療頑固性或復發性困難梭菌感染。臺灣衛福部在2018年9月以「特管辦法」通過此適應症。困難梭菌引起的偽膜性大腸炎及毒性巨結腸症，通常因大量、長期使用廣效性抗生素後，腸道菌相改變加上困難梭菌感染，釋放出毒素，而導致的嚴重腸道併發症。據統計，美國1年約有45萬人感染此菌，其中約3萬人因此而死亡。台灣地區根據之前的研究，每10萬住院人次，約有45個感染個案，或約1000個出院人次中有3個人次有感染過。醫師表示，長期住院有使用過廣效性抗生素的病人、罹患發炎性腸道疾病以及有慢性疾病、免疫功能較差的病人，都是困難梭菌感染的高風險族群。提醒這些民眾如果出現不明原因腹瀉，甚至合併腹脹、腹痛或血便，就要懷疑可能是困難梭菌感染，應儘快就醫診斷治療。治療困難梭菌引起的感染，通常必須使用更多的抗生素如萬古黴素及咪唑尼達，但是治療有可能會失敗，也可能會篩選出更嚴重的抗藥性細菌感染，即使病情初步改善，此感染也常常會復發。新發展的「微菌叢植入術」，則提供了一個合乎環保及自然的治療方式，國外已有許多臨床研究證實具有非常好的療效，且相較於傳統的抗生素治療更具成本效益。林口長庚醫院去年以特管辦法通過微菌叢植入術治療反覆性困難梭菌感染，至今年6月共完成5例，皆是以「精準醫學」方法導引微菌叢植入治療。即利用次世代定序法，針對捐贈者、病患移植前及移植後的腸道菌相，進行一系列的分子指紋檢測，清楚證實了病人的腸道菌叢在困難梭菌感染時，發生了嚴重失調的現象，而在移植之後，逐日恢復正常，移植2到4週之後，病人幾乎恢復完全正常的腸道菌相。這些病人追蹤時間從2個月到1年多，目前都無復發的現象。